文章摘要
高红梅,马海涛,喻子牛,张跃环,肖述,黄飘逸,彭建军.基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测[J].水产学报,2020,44(2):187~194
基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测
Microsatellite markers based on new development for evalution of the genetic diversity of two wild populations of Tridacna crocea and transferability to related species
投稿时间:2019-03-22  修订日期:2019-05-26
DOI:10.11964/jfc.20190311704
中文关键词: 番红砗磲  微卫星标记  野生群体  遗传多样性  通用性  西沙群岛
英文关键词: Tridacna crocea  microsatellites  wild population  genetic diversity  transferability  Xisha Islands
基金项目:国家自然科学基金(31470570,31872566,31702340);国家重点研发计划(2018YFC1406505);重庆市科委自然科学基金(cstc2014jcyjA80013);广州市重点项目(201803020047,201804020073);广东省自然科学基金(2017A030310442)
作者单位E-mail
高红梅 重庆师范大学生命科学学院, 重庆 401331  
马海涛 中国科学院南海海洋研究所, 广东 广州 510301  
喻子牛 中国科学院南海海洋研究所, 广东 广州 510301  
张跃环 中国科学院南海海洋研究所, 广东 广州 510301  
肖述 中国科学院南海海洋研究所, 广东 广州 510301  
黄飘逸 重庆师范大学生命科学学院, 重庆 401331  
彭建军 重庆师范大学生命科学学院, 重庆 401331 jjpeng74@163.com 
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中文摘要:
      采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173,平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788,平均多态性信息含量分别为0.730、0.744,发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平,说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后,在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况,发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性,6对具有多态性;无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性,1对具有多态性;诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性,5对具有多态性;长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性,8对具有多态性;砗蚝中有2对引物具有通用性,2对具有多态性。
英文摘要:
      Using magnetic-bead enrichment and PCR screening method, we obtained 19 pairs of microsatellite primers from Tridacna crocea. Comparison between Qilianyu and Yongxing Island wild populations with these markers shows:the mean allele number and the effective allele number were 11.105, 11.895 and 6.274, 6.173 respectively; the values of average expected heterozygosity were 0.776 and 0.788; the mean PIC was 0.730 and 0.744; high genetic diversity was maintained in those wild populations. Four loci significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction in each population. In addition, the transferability of all polymorphic short sequence repeats (SSRs) was assessed in five closely-related species. The test resulted in 7 loci amplifying and 6 loci being polymorphic in T. squamos; 3 loci amplifying and 1 loci being polymorphic in T. derasa; 5 loci amplifying and 5 loci being polymorphic in T. noae; 9 loci amplifying and 8 loci being polymorphic in T. maxima; 2 loci amplifying and 2 loci being polymorphic in H. hippopus.
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