文章摘要
张佳鑫,徐敏杰,黄根勇,张聪,杨志刚,成永旭,杨筱珍.正常与性早熟中华绒螯蟹的Y-器官转录组分析[J].水产学报,2017,41(11):1667~1679
正常与性早熟中华绒螯蟹的Y-器官转录组分析
Transcriptome sequencing and functional analysis of Y-organs between normal and precocious Chinese mitten crabs (Eriocheir sinensis)
投稿时间:2016-10-08  修订日期:2017-01-25
DOI:10.11964/jfc.20161010568
中文关键词: 中华绒螯蟹  性早熟  Y-器官  转录组
英文关键词: Eriocheir sinensis  precocity  Y-organ  transcriptome
基金项目:国家自然科学资金(31272677;31472287);上海市科技兴农推广项目[沪农科推字(2015)第1-7号];上海市科委项目(16DZ2281200);现代农业产业技术体系专项
作者单位E-mail
张佳鑫 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
徐敏杰 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
黄根勇 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
张聪 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
杨志刚 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
成永旭 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306  
杨筱珍 上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室, 上海水产养殖工程技术研究中心, 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306 xzyang@shou.edu.com 
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中文摘要:
      性早熟是中华绒螯蟹养殖过程中普遍存在的一个问题。为发掘中华绒螯蟹性早熟相关的重要功能基因,实验采用Illumina Hiseq 2000高通量测序技术获得了正常与性早熟雌蟹的Y-器官转录组数据,并进行比较分析。结果显示,测序分别获得44 619 538和43 052 958个clean reads,比对发现2655个差异表达基因,Gene Ontology (GO)功能分类分析将文库中的差异表达基因归类到3大功能(生物过程、细胞组分和分子功能)的42个类别中。KEGG富集分析将文库中的差异表达基因富集到134条特定的KEGG代谢途径,其中4条是显著性富集,包括酮体合成和降解、丁酸甲酯代谢、神经营养因子信号通路和碱基切除修复通路。通过RNA-seq技术获得了丰富的中华绒螯蟹Y-器官转录组信息,为中华绒螯蟹新基因克隆、性早熟成因与预防和Y-器官的研究提供有价值的数据。
英文摘要:
      Precocity is a common problem in aquaculture of Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis). To discover and clone important functional genes, the transcriptome of Y-organs of precocious and normal female crabs were sequenced by Illumina Hiseq 2000 high-throughput sequencing technology, and comparative transcriptome study was conducted. The results showed that precocious and normal crabs had 44 619 538 and 43 052 958 clean reads, respectively. Comparison between the sequencing data from precocious and normal female crabs revealed 2 655 differentially expressed genes. The differentially expressed genes GO functions in the transcriptome library were broadly divided into three major ontology (biological processes, cellular component and molecular function categories) of 42 branches. Data in the transcriptome from 134 differentially expressed genes could be divided into 4 classes taking the KEGG database as a reference, according to the metabolic pathway, including synthesis and degradation of ketone bodies, butanoate metabolism, neurotrophin signaling pathway, and base excision repair. By RNA-seq, we obtained abundant transcriptome information that could contribute to novel gene identification, causes and prevention of precocity, and research of Y-organs in Eriocheir sinensis.
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