文章摘要
赵莲,李志辉,张培,薛蓓,赖晓芳,高焕,阎斌伦.三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性[J].水产学报,2018,42(2):196~203
三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性
Analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) in mitochondrial genome of Portunus trituberculatus
投稿时间:2016-12-15  修订日期:2017-02-25
DOI:10.11964/jfc.20161210645
中文关键词: 三疣梭子蟹  线粒体基因组  SNP  高分辨率熔解曲线
英文关键词: Portunus trituberculatus  mitochondrial genome  SNP  HRM
基金项目:国家自然科学基金(31472282);江苏省高校自然科学研究重大项目(13KJA240001);江苏省“六大人才高峰”创新人才团队专项(2016-HYGC-CXTD-004)
作者单位E-mail
赵莲 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
李志辉 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
张培 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
薛蓓 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
赖晓芳 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
高焕 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
 
阎斌伦 淮海工学院海洋生命与水产学院, 江苏省海洋生物技术重点实验室, 江苏 连云港 222005
江苏省海洋生物产业技术协同创新中心, 江苏 连云港 222001
江苏省农业种质资源保护与利用平台, 江苏 南京 210014 
yanbl@hhit.edu.cn 
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中文摘要:
      为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mtDNA)SNP突变位点,本研究针对其mtDNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而tRNA、12S rRNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。
英文摘要:
      To obtain SNP mutations of mitochondrial genome in Portunus trituberculatus, a total of 179 primer pairs were designed, nearly covering the whole mitochondrial genome in this study. Of the 179 primer pairs, 89 got the expected specific amplification fragments by regular PCR. Then, 22 of 89 amplification fragments were found to contain the SNPs, by testing of HRM technology (High resolution melting curve). Though sequencing, 24 SNPs were obtained in the 22 amplification fragments. The results by statistical analyzing demonstrated that SNP frequency in mitochondrial genome of P. trituberculatus was 0.15/100 bp, in which the conversion mutation rate was 79.1%, 16.6% for transvesion mutation rate, 79.1% for mutation rate of C to T (or G to A), 8.3% for the mutation rate of G to T (or C to A), and 4.16 % for the mutation rate of G to C and A to T, respectively. Thus, the mutation of C to T (containing the type of G to A) is the most common mutation type. Additionally, the distribution of 24 SNP mutation loci was not even in the whole mitochondrial genome. The number of SNPs was the greatest in COX1 gene region, and the second is in D-LOOP and ND1 genes. However, no SNPs were found in some regions, such as tRNA, 12S rRNA. Our findings will provide an analysis tool that may help further researches in genetic diversity of germplasm resources and enhancement in P. trituberculatus.
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